Почему агентство просит вернуть ему договор:
1) Что бы в налоговую не попала информация, что Вы заплатили им комиссионные. Это самое вероятное.
2) Прошла сделка, а в течение 3-х дней не подали информацию о сделке в Росфинмониторинг. Это обязанность риэлторских компаний по ФЗ 115. Ну, это мало вероятно.
3) В истории проданного объекта есть "косяки". Это очень-очень маловероятно.
Ну, всё, я больше нечего предположить.
Так что, скорее всего пункт номер 1. Налоги.