Чтобы шпаклевать деревянный пол, нужно убедиться что доски, листы не двигаются друг относительно друга, то есть, нужно очень хорошо закрепить. Если листы положены на лаги, то листы должны укладываться в два слоя с перехлестом швов.
Шлифовать неровности правильнее, чем шпаклевать. Шпаклевку надо выбирать специализированную, для дерева, обладающую остаточной эластичностью, но при этом очень плотную.
Швы лучше всего заполнять полиуретаном. Пеногерметик или герметик.