На сегодняшний день, переход на HTTPS-протокол – операция достаточно быстрая и безболезненная. При этом, позиции в поисковой выдаче не теряются.
Переходить на HTTPS-протокол нужно однозначно.
Наличие одного товара в нескольких рубриках не скажется отрицательно на ранжировании сайта поисковыми системами. Это обычная практика для топовых интернет-магазинов.