Данное высказывание ("цель оправдывает средства") имеет два уровня. На первом уровне есть цель и есть средства, с помощью которых эта цель достигается. Но нет моральной оценки: благая цель или нет, хорошие средства или гадкие. На этом уровне "работает" вся природа. Например, в животном мире для сохранения вида уничтожаются слабые и больные. Человек, чтобы питаться, уничтожает животный и растительный мир. Метеорит, ведомы гравитацией, может уничтожить всю Землю с её обитателями. Это не хорошо и не плохо, это есть.
На втором уровне (благо или не благо) начинается оценка ситуации, то есть вступает в действие мораль. Однако мораль весьма сильно зависит от времени, места и группы людей, которые оценивают. Например, сжигание на кострах ведьм когда-то воспринималось как благо - естественное очищение совокупной души общества. Но потом стало восприниматься как преступление против общества. Мы до сих пор пользуемся Волго-балтийским каналом, построенным трудом заключённых. По-иному в то время его построить было проблематично. Сам канал для нас - это благо. Но...