Здравствуйте, нет, такого запрета нет. Косвенно это подтверждают и сами налоговые органы, см. Письмо ФНС от 26.06.2015 № ГД-4-3/11229@:
"Несвоевременное представление плательщиком торгового сбора уведомления о постановке на учет в качестве плательщика торгового сбора не лишает такого плательщика права на уменьшение соответствующей суммы налога ..."
Для того, чтобы уменьшить единый налог при УСН (6%) на сумму торгового сбора, вам нужно выполнить такие условия:
- уведомление о постановке на учет в качестве плательщика торгового сбора подано в налоговую инспекцию;
- торговый сбор уплачен в бюджет того же субъекта РФ, что и налог по УСН;
- уменьшать налог по УСН нужно по тому же виду деятельности, по которому платится торговый сбор.