Договор ДДУ на покупку квартиры заключён в июне 2015, свидетельство о праве собственности оформлено в 2018. С какого срока считать 3 года?

Вероятнее всего, речь идет о сроке, с которого начинает исчисляться время, после которого при продаже недвижимости не будет взиматься налог. Этот срок исчисляется с момента получения недвижимости в собственность, т.е. с 2018 года в вашей ситуации.