Различие историческое: по советским критериям, в состав края должна была входить автономная область. Сейчас все автономные области являются полностью самостоятельными субъектами РФ и все, кроме Еврейской, стали республиками (Алтайский край - Горный Алтай, Краснодарский - Адыгея, Красноярский - Хакасия, Ставропольский - Карачаево-Черкесия, Хабаровский - Еврейская АО). Исключение - Приморский край, его так назвали при разделении Дальневосточного края в 1938 году. После создания Приморского края он несколько лет включал две области - Приморскую и Уссурийскую, затем этот промежуточный уровень административно-территориального деления был упразднён, но название осталось.
Кроме того, во второй половине 2000-х некоторые малонаселенные и экономически депрессивные автономные округа присоединили к материнским регионам (в состав которых они и так входили, но при этом имели статус субъектов РФ с местами в Совете Федерации и всеми другими вытекающими привилегиями - т.н. "регионы-матрёшки"). При этом несколько регионов переименовали из областей в края (Пермь, Камчатка, ещё Читинская область стала Забайкальским краем). Иркутскую область при объединении с Усть-Ордынским Бурятским автономным округом переименовывать не стали, Красноярский край уже был краем.