При пунктуации, приведенной вами, грамматическая основа частично скрыта, но найти все еще осуществимо в рамках этого предложения. Начнем с семантики предложения. Говоря эту фразу, мы постулируем принадлежность человека к природе. Каким глаголом мы должны выразить эту принадлежность? В русском языке такая функция чаще всего лежить на глаголе "быть", соответственно мы можем сказать. Человек есть природа. В целом уже хорошо, но отдает неким архаизмом, что логично: в современном оусском языке глагол-связка, то есть выполняющий чисто грамматическую функцию, чаще всего опускается (чего кстати не происходит во многих других, например, европейских языках). И чтобы придать этому предложению более современный вид мы убираем глагол. Получается: "Человек природа". Собственно так мы и произносим это в речи и нас прекрасно понимают, так как это предложение чаще всего имеет контекст, а для того, чтобы устранить неясности на письме мы начинаем использовать пунктуацию. В данном случае тире. Таким образом получается. "Человек — природа". Грамматическая основа скрылась за пунктуацией и векамм развития русского языка.