Можно насыпать внутрь соду, оставить на несколько часов и затем убрать с помощью пылесоса. Можно протереть обувь изнутри перекисью, уксусом, эфирными маслами. Также есть средство "Smell off".
Необходимо определиться с причиной появления запаха Если это грибковые заболевания, нужно решать проблему комплексно. Возможно, это просто некачественная обувь. Если виновата влажность в обуви, то можно использовать ультрафиолетовые сушилки для обуви. Они полностью просушивают обувь, убивают бактерии и устраняют неприятный запах.