Если не было умысла оскорбить, то ничего особенного не будет. Могут перемыть кости в прессе (ну и в частном порядке - за глаза). Королева встречается с таким количеством людей самых разных культур, что ее довольно трудно шокировать нарушением правил этикета. Мишель Обама, например, королеву по плечу похлопала, а Барак Обама первым руку пожал (в разные годы) - и ничего не стряслось. Путин на встречу опоздал (а к генералу в своем КГБ, небось, не опаздывал).
Если какому-нибудь главе государства религия, республиканские убеждения, артрит или склероз не позволяют поклониться, значит так тому и быть. Выкажет уважение в другой форме. Не страдать же интересам Великобритании. А если простой смертный проигнорирует инструкции как себя вести при встрече, то, наверное, шансов на повторную аудиенцию у него не будет. Придворные занесут невежу в какой-нибудь список нежелательных персон, вот и все.