Здравствуйте. В Вашей ситуации есть разные варианты.
Можно оформить отпуск без содержания.
Получить больничный.
Найти работу, которая будет предполагать скользящий график.
Конечно, нужно позвонить руководителю и предупредить о том, что Вы не сможете выйти на работу.