Скажу чисто логически, без ссылок на законодательные акты.
Если лицо, которое было осуждено или находится под следствием, сбежит, его, ясное дело, будут искать за совершение уже нового преступления. В то же время если во время бегства или уже после поимки выясняется, что по основному делу, по которому он сидел изначально, его признали невиновным, а приговор незаконным, то, как я думаю, дело за побег должно быть прекращено.
Однако если во время побега лицо применяло насилие или оружие, то, в зависимости от обстоятельств, будет разбирательство. Если, например, к нему применяли незаконно насилие, а он оборонялся, то суд может встать на его сторону.