В основном под Сахарой находится камень, как и под любыми другими пустынями.
На территории Алжира и Ливии происходит добыча нефти и природного газа, то есть под Сахарой также сосредоточены полезные ископаемые.
Согласно некоторым исследованиям под песками располагаются крупные бассейны подземных вод. Эти бассейны присоединены к континентальным песчаникам и обеспечивают водой оазисы.
Многие также строят догадки по поводу потерянных цивилизаций под пустыней. Существует теория, что раньше на территории Сахары были влажные леса, в которых обитали люди. Однако пока что не было обнаружено никаких веских доказательств.