Деление на вредоносных и не вредоносных -- условное.
Да, особо выдающиеся иногда удаётся уничтожить -- оспа, например.
Но уничтожить всё невозможно. У вирусов и бактерий в целом важнейшая роль в системе. В том числе в работе организмов людей, в эволюции. Одни и те же могут быть и полезны, и вредны. Нейтральные и полезные могут легко стать вредными.
Вот здесь можно почитать:
В чём биологический смысл существования патогенных микроорганизмов?
Что произойдет, если уничтожить все биологические вирусы на Земле?
Иммунитет ослабнет , весьма и весьма значительно. Аллергенов станет больше. Пищеварительному тракту, в частности кишечнику - будет не легко. Это только по здоровью. Но основная проблема будет в природной "утилизации" мусора.
Там же сказано только про вредноносные бактерии и вирусы