Я бы сказала, что под "винтиком системы" нередко имеют в виду не то, что человек задействован в каком-то общем процессе, производстве и тд, а что ведя такой образ жизни, он лишается самости. То есть, работая на кого-то, исполняя чьи-то поручения мы перестаем мыслить, так как, во-первых, все решения принимаются за нас, а во-вторых, мы не видим смысла их отстаивать свою точку зрения, так как мы как раз таки "винтики системы" и до нас нет никому дела. Кроме того, "винтик системы" - понятие изначально не одухотворенное, так сказать, он не может творить, созидать что-то прекрасное. Отчасти именно поэтому термин воспринимается негативно.
Годный вопрос!
Плохо не быть винтиком в системе и не быть инакомыслящим, плохо не быть тем, кем ты хочешь быть.
Что за идиот это нам внушил - не знаю, думаю, это вина моды.