После создания необходимого рисунка в SmartArt, нужно перейти на вкладку «Вставка», выбрать в Иллюстрациях «Фигуры» (нажав левой кнопкой мыши), в выпавшем меню выбрать вид необходимой линии и провести ее от необходимых точек объектов рисунка, которые Вы хотите соединить.