Вирусы чаще всего попадают на съемный носитель вместе с какими-то архивами. Так что проще всего проверять каждую программу антивирусом сразу после того как скачали. Касперский и Д-р Веб вполне неплохи в этом смысле. Ну а если вирус все же попал на флешку, то лечить ее лучше на компе отключенном от интернета.