Всё очень неоднозначно: микробиом (совокупность микрофлоры кишечника) населена очень разнообразными микроорганизмами. Говорить о дисбактериозе в целом очень сложно, так как в принципе то, какой баланс "правильный", никто ещё не знает.
Соответсвенно, и называть что-то вне случаев тотального уничтожения микрофлоры "неправильный состоянием" нельзя