На допрос может быть вызван не только директор или сотрудник вашей организации, а вообще любой человек, который может обладать необходимой сотрудникам налоговой инспекции информацией.
Если свидетеля допрашивают по месту его жительства, то в допросе в соответствии с рекомендациями ФНС должны участвовать не менее двух инспекторов. Прежде чем брать показания, они обязаны получить согласие свидетеля и совместно проживающих с ним лиц на допуск в жилое помещение и сделать соответствующую пометку в самом протоколе допроса. Таким образом, домой вы можете инспектора не пустить и будете правы.
Если нужный свидетель находится в другом регионе, проверяющая налоговая может перепоручить провести допрос той ИФНС, к которой относится место проживания или пребывания свидетеля.