Добрый день.
До настоящего времени официального запрета на совершение полетов между городами России нет.
Однако ситуация может в любой момент измениться.
В связи с распространением коронавирусной инфекции некоторые страны ввели ограничения на транспортное сообщение через их границы. С полным списком ограничений вы можете ознакомиться на специальной странице Яндекс.Расписаний:
https://rasp.yandex.ru/info/covid-19
вопрос был про перелеты между городами на территории РФ, а не между странами.