Если я буду форматировать диск, на котором Виндоус 10 при переустановке системы на 11 Виндоус, то удалятся файлы с другого диска D?

Здравствуйте. Нет, не удалятся. Можно не заморачиваться. Выбирайте расширенную установку (для опытных пользователей). Система спросит, на какой диск устанавливать. Не перепутайте. Вот и все.