Да.
Дело в том, что комиссия банком взимается при осуществение платежа. При переводе денежных средств с карты на карту одного и того же банка комиссия, как правило, нулевая. Для банка это внутрибанковский перевод.
При переводе денежных средств с карты на карту разных банков даже в одном регионе, даже если это карты одного и того же физического лица, комиссия будет взиматься, так как для банка это внешняя операция.
Однако, некоторые банки могут (не значит делают, либо делают то не всем) иметь договоренности и взаимно отменять комиссию, как правило, это банки одной банковской структуры, например Группа ВТБ - ВТБ24, Банк Москвы, Почта Банк, ТрансКредитБанк и др; (Ну кто ж будет отказываться от дополнительного дохода)
Некоторые премиальные карты могу предоставлять своим клиентам услугу перевода денежных средств на карты сторонних банков без комиссии, но если посмотреть сколько стоит обслуживание таких карт, то понимаешь, что вся комиссия уже включена в стоимость обслуживания.