Если я в рамках подготовки к канд-кой дис-ии напишу статью, обосновывающую целесообразность распада России на несколько независимых государств, меня не посадят?

Боюсь, что могут и посадить. Если вам удаться достаточно широко распространит эту статью. Если же она не получит достаточной публичности, ее попросту не заметят. Важным квалификационным признаком деяния в данном случае является публичность оного.

Посадят или нет — не знаю.
Только, если описывать реальное положение дел и тенденции, то сложно не прийти к выводу — если их не изменить распад неизбежен.

Чтобы посадить в тюрьму человека, в России не обязательно совершать преступление, настоящее или мнимое, достаточно просто не понравиться менту на улице, и всё. Мент пишет на вас рапорт, что вы нецензурно выражались в общественном месте, и вам дадут 15 суток ареста. Про подбрасывание наркоты и боеприпасов я уже вовсе не говорю.

Я бы крайне не советовал тебе это делать :) Сейчас идеология выше всяких законов и за такие утверждения тебя вполне могут посадить, лишить все званий и т.д.

Нет, не посадят. Потому что такую статью не удастся опубликовать. Ну, а в стол можно писать что угодно. Само по себе написание статьи никого не волнует.