Если Христос призывал к терпимости и милосердию, и в этом суть Евангелия, почему верующие в основном такие нетерпимые и злые по отношению к иноверцам, геям и т.д.? Почему веками игнорировали это?

Я думаю тут слово "игнорировали" не уместно! Так как раньше однополые браки и т. д. не так появлялись, как сегодня. Раньше люди этого стыдились и боялись, что кто-то узнает или же увидит их.  Сегодня этого никто не скрывает, об этом говорят в школах, по телевидению,  радио и даже на уровни государства, говоря что это уже ценности семьи