Если коротко, то причины в межэтнических конфликтов между народами, населяющими Югославию. С 14 века славянские народы стали вытесняться с сербской территории турками. Захват Сербии турками привел к постепенной исламизации части славянского населения. Послевоенная Югославия представляла собой федеративное государство, объединяющее шесть республик и две автономии.
Накануне распада Югославии в 90-х годах население страны составляло более 10 млн. человек, из которых более половины - сербы, около 20% - албанцы, около 5% - мусульмане и около 5% - остальные (венгры, греки, евреи, армяне и пр.)
Если коротко
Много было межэтнических, межконфессиональных и территориальных разногласий внутри самой Югославии.
При Тито это старались "замести под ковер", как только он умер, все это сразу вылезло наружу.
Все конфликты и претензии имеют очень давнюю историю, которым не одна сотня лет.