Нет, при переустановке системы данные удаляются только с системного диска (по умолчанию, это диск С). Вы можете на всякий случай сделать резервную копию диска, за целостность которого вы опасаетесь, и не волноваться за сохранность ваших данных.
Данные удаляются с того диска, на котором установлена винда. Если это диск D то при переустановке вам придется его форматнуть. Если у вас винда на любом другом, то D можете не трогать. А вообще если вы задаете такие вопросы, то самостоятельно лучше ничего не делайте :D