Конечно. Не будем брать в расчет монструозный Дом книги на Невском и дорогую повсеместную сеть «Буквоед». Я рекомендую прежде всего «Порядок слов» (наб. Фонтанки, 15; его небольшой филиал открылся в здании Новой сцены Александринского театра). Не так давно открылся независимый книжный «Фаренгейт 451» (ул. Маяковского, 25). «Книжная лавка писателей» (Невский проспект, 66) после реконструкции стала очень приличным, хотя и недешевым, магазином. Редкие книги продаются в арт-центре «Борей» (Литейный проспект, 58). Почти напротив него (Литейный проспект, 58) есть хороший магазин «Подписные издания» (правда, кажется, тоже не из дешевых), а еще рядом (Литейный проспект, 60 и 61) — букинисты «Старая книга» и «На Литейном».
Вот здесь еще есть список букинистов Петербурга (alib.ru), а вот статья 2011 года (the-village.ru), но надо уточнять, насколько это все актуально. Надеюсь, петербуржцы дополнят ответ.
Есть много, но мне нравиться ярмака у м. ЕЛИЗАРОВСКАЯ. Есть еще кофейня книги и кофе. Можно и выпить кофе, и книжецу почитать и купить, если понравится.
Есть книжные магазины в издательства. Есть такой и у нас.
А ещё в нашем издательстве действует клуб любителей книжного шопинга "Книги в дом", где книги закупаются коллективно оптом.
Есть замечательная сеть "Старая книга", где можно найти как старые книги и интересные раритеты, так и различные старинные открытки, газеты, брошюры (narod.ru). Их магазины разбросаны по всему городу.
Также есть не менее замечательный букинистический магазин "Искатель" на Набережной реки Мойки, 51 - рядышком с Дворцовой площадью.