Условия их содержания схожи. Но в теплице перцы лучше расположить вдоль стен, или так, чтобы их сильно не обдувало при проветривании. Тогда обеим культурам будет комфортно. Но это не обязательно. Помидоры любят свежий воздух, а перцы проветривают чуть реже. В открытом грунте их часто выращивают рядом, негативного влияния на урожай это не приносит.
Я всегда именно так и сажу, у меня один парник и в него сажу помидоры и перцы, перцами занимаю треть и две трети помидорами. В перемешку их лучше не садить, иначе более высокие помидоры будут заглушать более низкие перцы.