Можно только предполагать. Софья, думаю выйдет таки замуж за Скалозуба или кого-то ему подобного. Любовь любовью, но Молчалин не тот человек, который пойдет поперек воли такого, как Фамусов.
А вот судьба Чацкого может быть двоякой. Он будет и дальше бороться за свои убеждения, разочаровываться в людях и искать единомышленников. Возможно, в какой-то момент жизнь сломит его и он станет "обывателем", ко всему равнодушным, найдет какую-нибудь службу, женится и станет доживать век. А может быть, он за свои убеждения в конце концов попадет в тюрьму или ссылку, смотря до каких крайностей он дойдет и кому успеет встать поперек горла.