Из славянских — в русском и белорусском, но вообще встречается ещё много где — например, в осетинской кириллице знак «ы» один из самых частотных (означает не совсем тот же звук, что русская «ы»).
Звук "ы" или близкий у нему есть так же в тюркских языках (турецкий, азербайджанский, татарский, казахский, башкирский и т.д.). Но в большинстве из них он обозначается другой буквой.
Буква Ы присутствует в алфавите белорусского и башкирского языков.
Буква "ы" в данном начертании встречается только в русском и белорусском алфавитах (например белорусское "чысты" - "чистый"). В украинском алфавите буква "ы" пишется как "и".