Я атеист, не верю в потусторонние силы, постоянно ищу всему логичное объяснение, увлекаюсь астрономией и физикой, но при всём этом боюсь призраков, боюсь что за спиной кто то ужасный стоит. Как так?

Причина может быть банально простой.

Ваш атеизм это попытка мозга вытеснить "неизвестное" с чем он когда то сталкивался.

А любое вытесненное из сознания рано или поздно будет давать о себе знать в виде неврозов, страхов, кошмаров и тд

В ваш случае нужно принять и понять простые вещи

1. Чем больше мы узнаем тем все больше понимаем как много мы еще не знаем

2. Мы ограничены в возможностях нашего познания -оно не безгранично

3. Следовательно будут постоянно явления и события которые мы не сможем объяснить возможно даже никогда или до тех пор пока инструментом познания будет не только научный метод

4.Более того, то что вы называете собой судя по последним исследованиям мозга ставится в известность о поступившей информации, принятом решении мозгом гораздо позже чем в самом мозге существует уже решение 

Таким образом, мозг может воспринимать информацию, которая для вас крайне травматична ввиду того что вы атеист, и просто не ставит вас в известность. 

Вы смутно догадываетесь и боитесь, поэтому мозг придумывает для вас способы защиты - атеизм, попытка заниматься чем то надежным и точным, ухватиться за что то, что даст ощущение надежности и опоры.

Таким образом, ваш мозг более продвинут чем вы сами и он вас оберегает как ребенка от ненужной информации -фильтрует ее, но она все равно просачивается к вам.

Все равно ведь никуда не деться от таких понятий как смерть, рождение и все что с этим связано.

Таким образом атеизм это просто страх и попытка заблокировать информацию о смерти.

Одно дело - убедить свое сознание, другое дело - как-то вообще повлиять на подсознание, нещадно старающееся уберечь нас от всего-всего, даже несмотря на то, что этого "всего" может и не существовать. иногда, когда я иду с кухни до комнаты, последние три метра я добегаю и просто влетаю в эту комнату, потому что представляю, как за мной ползет какой-то зеленый чудик из болота. бывает