К сожалению, вы невнимательно прочитали правила и тарифы банковской карты Яндекс. Денег. Комиссия при снятии с карты, привязанной к именному или анонимному кошельку действительно составляет 3%, но не менее 100 рублей. Хороший выход - пройти идентификацию. С карты, привязанной к идентифицированному кошельку, можно снимать до 10 000 рублей в месяц вообще без комиссии.
У меня кошелек идентифицированный и все равно комиссию дерут.