Вариант дешевый и достаточно быстрый, но его нужно подкараулить. Найти недорогой рейс Победы в Братиславу (бывают и за 3000, и за 1000). В Братиславе сесть на поезд или на автобус (около 15 евро) - и вы Праге через четыре часа.
Самый дешевый способ, пожалуй, Bla Bla Car, будет вам стоить около трех тысяч рублей из Москвы.
Есть автобусы, например, вот, хотя компаний должно быть много, гуглите. Это будет стоить 5-6 тысяч рублей.
Поезд, кажется, стоит дорого, около 12 тысяч в одну сторону, а самолет - 10-13 тысяч в обе стороны.