Как думаете, Заходер при переводе "Винни-Пуха" понимал, что в оригинале Сова - мужского пола, просто сделал так, как ему хотелось, или упустил этот момент?

Я думаю, это намеренно. Точно так же в "Книге Джунглей" Киплинга в переводе Чистяковой (и затем в советском мультфильме) Багира из самца стал самкой. Таких метаморфоз довольно много и в случае с Винни-Пухом это даже не самое крупное разночтение с оригиналом.