Есть хорошая-бесплатная программа AOMEI Backupper Standard.
Ознакомится с основными возможностями и прочитать инструкцию можно по данной ссылке:
Как клонировать в бесплатной программе AOMEI Backupper Standard.
Здравствуйте. Я бы посоветовал клонировать диск с помощью программы Winhex. Эта программа сделает полную посекторную копию носителя на другой носитель или в файл. Диск будет полностью один в один склонирован независимо от того распознаётся ли его файловая система компьютером. Так же возможно делать посекторную копию диска в файл программой R-Studio.
Вопрос. Одна из программ привязана к номеру hdd диска. После клонирования она будет работать?