Есть такой раздел фармакологии - фармакодинамика. Он как раз об этом.
Существует понятие "тропность", то есть сродство. Если бы лекарство равномерно распределялось по всему организму (как предложили в предыдущем ответе), нужны были бы очень большие дозы и токсический эффект наступал бы раньше терапевтического.
Большая часть поступившего лекарства распределяется неравномерно. И зависит это от многих факторов: от способности/неспособности растворяться в воде и липидах, от того насколько лекарство связывается с белками (рецепторами), от наличия и способности проходить через различные барьеры (таким барьером, например, является плацента при беременности), от особенностей кровотока.
Если при создании нового лекарства всё это учесть, оно попадёт куда нужно.
Конечно же, лекарство не знает куда ему нужно попасть. Оно просто содержится в крови, а кровь проходит рано или поздно через все органы. (Странный вопрос)