Здравствуйте! Специальных инструментов для переноса файлов с одного Диска на другой сейчас нет. Я рекомендую вам следующий метод с использованием публичных ссылок:
1. Войдите в браузере в Диск первого аккаунта.
2. Создайте публичные ссылки на все файлы и папки, которые хотите перенести.
3. Скопируйте эти ссылки или отправьте их список письмом на почту второго аккаунта.
4. В этом же или другом браузере войдите в Диск второго аккаунта.
5. Откройте по очереди все публичные ссылки.
6. Кликните на кнопку «Сохранить на Яндекс Диск».
В результате файлы и папки окажутся в папке «Загрузки» на Диске второго аккаунта.
Важно учитывать, что если Диск второго аккаунта меньше по объёму, чем первый, то все файлы могут на него и не поместиться. В таком случае, если файл/папка по размеру больше, чем остаток свободного места на Диске, то сохранение в папку «Загрузки» не произойдёт (вы получите сообщение о нехватке места).
Чтобы разобраться с некорректным переключением между аккаунтами, понадобится помощь команды, напишите, пожалуйста, ей напрямую: disk@support.yandex.ru