Обыкновенно, через интернет-банк, личный кабинет.
Вам же зарплата на карту падает, не так ли?
Когда вы брали кредит, вам должны были дать реквизиты для оплаты. Вот по этим реквизитам и отправляйте платеж из того банка где у вас деньги.
Некоторые банки разрешают гасить кредит (пополнять кредитный счет) с карты другого банка. Подробнее рассказать пока не могу, т.к. вы не написали, в каком банке кредит и где деньги для его погашения.
Переводами на кредитный счет