В 2011 году номер двигателя в ПТС отменили, т.е. двигатель перестал считаться номерным агрегатом. Однако это сильно усложнило работу ГИБДД по по поиску угнанных автомобилей и на сегодняшний день проверяется, особенно при переоформлении автомобиля. Ранее был возможен вариант предоставления документов о замене блока цилиндров при ремонте двигателя, на котором находится его серийный номер. Или же можно было предоставить документы купли-продажи двигателя. В разное время по-разному.
Но в целом этот вопрос с юридической точки зрения остался до сих пор неурегулированным до конца и в разных регионах России свои требования. Поэтому данную информацию лучше уточнить в ГИБДД, причем в данной ситуации ИМЕННО в том отделении, где будете переоформлять автомобиль. Главное чтоб двигатель не был ворованным или снят с угнанного автомобиля.