Договор будет смешанным: подряд и поставка материалов. В тексте нужно предусмотреть отдельно стоимость материалов и порядок оплаты (аванс 100 %, 50 % и последующая оплата 50 % и т.п. на выбор сторон договора). В части подряда нужно описать, какие работы заказаны и порядок их приемки (по двустороннему акту). Если договор длительный, то каждую поставку и задание заказчика, можно предусматривать отдельной заявкой, подписанной обеими сторонами. Тогда в основном договоре не нужно писать подробности, а просто указать, что работа и материалы по заявкам заказчика, согласованным исполнителем.
Самозанятому запрещено заниматься перепродажей товара.
Поэтому с точки зрения законо , то самоззанятый не может принимать оплату за товар, поэтому не советую разделять договор на оплату за товар и оплату за услуги.
Необходимо прописать доп.соглашение, согласно которому заказчик либо оплачивает эти расходы на основе прилагаемых чеков, либо выделяет деньги на эти расходы исходя из рыночной цены авансом.