Сначала вручную. Потому что нотная грамота обязывает быть внимательным, проверять сотню раз. А потом это все переносится в электронный формат. Существует множество возможностей записать ноты, как напечатать текст.
Есть большое количество нотных редакторов разной степени удобства. Guitar Pro, например. Готовые партии для инструментов можно экспортировать в midi файл, после чего использовать где угодно. Midi - это не готовые аудиоданные, а набор команд для синтезатора.