Генноинженерные модификации вносятся направленно, и, как правило, затрагивают один или несколько (но немного) участков генома организма. Например, делается нокаут - постоянная инактивация - выбранного гена в геноме домовой мыши Mus musculus. Полученная особь, если она жизнеспособна, все равно будет мало отличаться от исходной особи этого же вида, поэтому таксономически она будет такой же.
В области генной инженерии к родовому и видовому названию каждого организма добавляют символы, которые каким-то образом указывают на то, что с ним сделали. Но это не таксономия, а номенклатура, принятая в каждой области техники. Например, мышь Mus musculus Adar1 E861A/E861A Ifih1-/- означает мышь, у которой в обоих копиях гена Adar (белок Adar1) введены нуклеотидные замены, вызывающие аминокислотные замены остатка глутаминовой кислоты (обозначается E861) в 861 положении на аланин (обозначается А, в итоге имеем E861A/E861A), и одновременно эта мышь имеет гомозиготный нокаут (-/-) гена Ifih1 (кодирует белок MDA5).
Таким образом, после генных модификаций видовая принадлежность организма не меняется.
Если имеется в виду юридическая сторона вопроса, то рекомендую книгу-Корочкин Л.И. Геном,клонирование,эволюция человека.Если биологическая таксономия, то генная инженерия еще ни разу не смогла изменить принадлежность организма к исходному таксону; какой был до модификации. такой и остается.Но в паспорте сорта\породы добавляется указание на модификацию.