Не совсем понял вопрос ._. . Если надо телепортироваться в 1000 60 -1000 , то так и пишем: /tp @s 1000 60 -1000.
Знак "~" обозначает место на котором стоит блок. Например КБ стоит на координатах 0 5 0 и ввести /tp @s ~~~ , то тебя телепортирует именно в 0 5 0.