В основном - с помощью парусов, частично - с помощью руля.
Значительная часть рангоута (деревянные конструкции, на которых закреплены паруса) была подвижной. Реи и другие элементы не закреплены на мачтах жестко, а подвешены через систему тросов. Это позволяло не только изменять площадь парусов, но и выставлять их под нужным углом. Устанавливая определенный набор парусов в определенных положениях относительно корпуса и ветра, можно разворачивать судно и заставлять его двигаться в нужном направлении. При правильном управлении парусное судно может двигаться даже против ветра.
Это самые общие принципы. Полный и подробный ответ на данный вопрос будет иметь просто гигантский объем. Управление парусным судном - сложнейшая профессия и требует специального образования.