Могу посоветовать одно радикальное средство. Скажу сразу, на сапогах его не проверял. По крайней мере сам материал пострадать не должен. Итак, запах появляется благодаря жизнедеятельности бактерий, если их убить, то запах прекратится. Микробов почти мгновенно убивает нашатырный спирт. Попробуйте обильно смочить тряпочку в нашатырном спирте и поместить её в обувь (осторожно, резкий запах!), на несколько минут закрыв голенища сапог. Впоследствии, чтобы запах вновь не появился положите в сапоги пакетик с гранулами силикагеля.
Даниил Р., нашатырный спирт тем хорош, что содержащийся в нём аммиак очень летуч и проникает во все поры. Хлоргеседин, в принципе, тоже подойдёт. Можно попробовать хлорамин, продаётся в аптеках.
Для удаления неприятного запаха из сапог вам понадобится ультрафиолетовая сушилка для обуви. С помощью ультрафиолетовых лучей она обеспечивает обуви щадящий режим сушки, а также дезинфицирует внутренние поверхности, защищает от развития вредных бактерий и грибковых спор.