Вагоны метрополитена почти во всех странах мира имеют ту же ширину колеи, что и подвижной состав железных дорог, и способны передвигаться по железным дорогам - не своим ходом, разумеется, но в составе грузовых поездов. Поэтому вагоны метро с завода отправляются по подъездным путям на железную дорогу, доезжают до станции, ближайшей к одному из депо метрополитена (сами депо, как правило, наземные) и передаются в депо через соединительную ветку. В Москве таких веток две: одна соединяет станцию Подмосковная и депо "Сокол (http://openstreetmap.ru/#map=18/55.81344/37.51294), вторая станцию Москва-Южный порт и депо "Печатники" (http://openstreetmap.ru/#map=19/55.70129/37.72199). Самая первая ветка, в депо "Северная", сейчас разорвана, на её месте находится багажное отделение Ярославского вокзала.
В России, однако, вагоны метро и вагоны ж/д используют разные сцепные устройства, поэтому перегоняемый состав из метрополитеновских вагонов в начале и конце имеет два так называемых вагона прикрытия, у которых с одной стороны железнодорожная автосцепка СА-3, с другой применяемая в метро автосцепка Шарфенберга. Чаще всего это простые грузовые вагоны, однако в Петербурге как вагоны прикрытия использовались и вагоны метро (http://transit.parovoz.com/muralista/pg_view.php?ID=874)
В истории метро, однако, были курьёзные случаи, когда новую линию метро открывали ещё до того, как было готово соединение с железной дорогой. В Казани в 2005 году вагоны перегоняли в депо с помощью тракторов и бесколёсных саней-волокуш. В Берлине в 2009 открыли изолированную от сети метро линию U-55, и вагоны на неё опускали краном вертикально вниз. (https://en.wikipedia.org/wiki/U55_(Berlin_U-Bahn)#/media/File:U55_Materialeinlassoeffnung_Waggon2658_4.jpg)
В Вене тоже такое практиковалось, где-то у меня даже есть фотография, как краном опускают вагон в ещё недостроенный тунель.
У них есть депо, откуда в построенный туннель отправляют вагон. Туннель в свою очередь соединён с депо. Так все и происходит и никак иначе. А как думали вы? Интересно аж стало.