Религиозные войны в Европе имели очень широкий характер.
Это были войны за выбор политического строя (сравним Голандские Штаты и парламентскую Англию и католические монархии Испании и Франции), за лидерство в Европе (Габсбурги с их идей всемирной империи и национальные государства), за экономическое лидерство (возможность торговать и грабить колонии, которую хотели монополизировать Испания и Португалия, и куда рвались англичане с голандцами, а так же французы). Важно учитывать что во многих странах борьба между католиками и протестантами велась внутри страны, раскалывалась семьи, т.е. по сути была гражданской.
Например в СРИ эта была борьба между идей единой империи, которую отстаивали Габсбурги и самостоятельности территориальных княжеств.
А во Франции под знаменем протестантизма выступали городские общины, отстаивающие идею независимых городских республик (самый яркий пример Ла-Рошель), и старая знать (Монморанси, Бурбоны, Шатильоны), а так же сторонники сепаратизма Юга Франции, помнящие о том, как северяне под знаменами католической веры разгромили альбигойский Юг.
А под знаменами католицизма дрались сторонники как централизованной монархии, так и некой аристократической республики.
Наконец (но не в последнюю очередь) эта была борьба за контроль над церковью, ее политической властью и экономическими богатствами.
Ну просто борьба между верующими людьми.
На мой взгляд, любая война - максимально ожесточенное действие, а религия всего лишь повод (тригер), чтобы люди пошли на войну. По другому говоря, религия - один из основных мотиваторов для того, чтобы люди пришли на войну