"Доктор Живаго" Бориса Пастернака. Там, конечно, главная тема рассказа далеко не дезертирство, но она также вскользь упоминается в романе. И есть один момент, непосредственно, с Юрием Андреевичем и его побегом. К тому же, вся семья Живаго вообще, решили уехать в глушь, чтобы переждать бурю революции. Это не побег с линии фронта, но как желание избежать участия в войне.
Тему дезертирства поднимал Роман Гуль в воспоминаниях «Ледяной поход». Там же он описывал причины, по которым вместе с братом демобилизовался в 1919 году, бросив воевать за свои идеалы в рядах Белой армии (полагаю, некоторые их сослуживцы сочли это дезертирством).
Тихий дон, там Мелихов то за красных, то за белых, потом вообще к бандитам ушёл. Все происходит во время гражданской.
Хождение по мукам, Толстого. Там Рощин для того чтобы попасть к белым идёт на службу к красным.
Кстати, никто из этих героев себя дезертиром по книге не считает.