Закон сохранения энергии не действует в масштабах всей Вселенной. Закон сохранения энергии это следствие однородности времени, но на временах, сравнимых с возрастом Вселенной, время неоднородно, так как свойства Вселенной зависят от возраста.
В частности, Вселенная наполнена некой неизвестной "тёмной энергией", которая подталкивает её к расширению и как бы накачивает её энергией.
В будущем, когда будет построена полная теория, описывающая всю Вселенную (теория Великого объединения, квантовая гравитация и т.п.), то закон сохранения энергии может быть сформулирован и для всей Вселенной. Тогда может быть, что тёмной энергии будет приписана отрицательная энергия, которая будет компенсировать энергию, которая будет приписана обычному веществу.