Каким образом регулярное убийство коров, баранов, свиней, курей, кроликов и других, которое ежедневно происходит на скотобойнях, не подпадает под 245 статью УК РФ (о жестоком обращении с животными)?

В указанной статье говорится об обращении, а не об убийстве. Жестокое обращение - это когда животному доставляются мучительные страдания. В процессе страданий в организме происходят определенные химические процессы гормонального характера, оказывающие влияние на физиологические показатели(изменение пульса, давления, частоты дыхания и т.п.) Технологии забоя скота минимизируют время умерщвления, тем самым не давая развиться вышеуказанным процессам до состояния, соответствующего определению мучительные страдания.

Тот же принцип используется и при осуществлении других мероприятий медицинского характера - прививки, оскопления, научные опыты, забой животных во время эпидемий и т.п. 

Если же данные принципы нарушаются на бойнях или фермерских хозяйствах - то это является основанием для судебного разбирательства.